Kolonoskopi girişimsel bir tetkik yöntemidir. Dolayısı ile kolonoskopi işlemi sırasında çok düşük ihtimaller dahilinde de olsa birkaç çeşit yan etki ile karşılaşılabilir.
Bunlardan biri kolonoskopi sırasında polip alınması halinde polibin kesildiği zeminden gelişebilecek kanamadır. Genellikle kendi kendine duran özelliktedir ve çoğu zaman bir müdahale gerekmez. Polip alınma sırasında kanama gelişmesi halinde, endoskopist gerekli görürse bu alana direk görüş altında kanama durdurucu ilaç injeksiyonu yaparak problemi çözer.
Kolonoskopi sırasında oluşabilecek bir diğer komplikasyon polip alınan zeminde gelişebilecek kalın barsak yırtılmasıdır. Bu durum tıpta perforasyon olarak adlandırılır. Bu tarz bir yırtılma gözlenmesi halinde endoskopist endoklip denilen endoskopik metal dikiş tekniği ile yırtılan barsak duvarını kapatabilir.
Bu komplikasyonlar kolonoskopi sırasında gözlendikleri için o esnada tamir edilmeleri de mümkün olmaktadır.
Bir diğer yan etki kolonoskopiden sonra enfeksiyon gelişimi hususudur ki pratikte yok denecek ölçüde nadir karşılaşılır. Kolonoskopiden sonra bir saate kadar ki sürede hafif karın ağrısı olması mümkündür ve klinik olarak önemi yoktur. Kanama yahut kolon duvarında yırtılma tecrübeli endoskopistlerin yaptığı işlemlerde 3/1000 – 5/1000 oranında görülür. Barsak hazırlığının iyi, uyutmanın etkin gerçekleştirildiği deneyimli endoskopistlerce yapılan kolonoskopilerde bu yan etkiler yok denecek oranda az gelişmektedir.
